Pada mulanya wilayah hukum Pengadilan Agama Sekayu yaitu Kabupaten Musi Banyuasin termasuk kedalam wilayah Hukum Pengadilan Agama Kota Palembang.

Setelah adanya Surat Keputusan Menteri Agama No.96 tahun 1982 tanggal 20 Oktober 1982  Pengadilan Agama Sekayu yang  wilayanya Kabupaten Musi Banyuasin dengan Pegawai 4 (empat) orang terdiri dari Ketua Drs.A.Sayuti Hamzah, Panitera Kepala Drs.A.Sanusi.ZA, Bendahara Salamuddin dan sebagai staf yaitu Fauzi.
Pada mulanya Pengadilan Agama Sekayu dalam melaksanakan tugasnya menumpang di Kantor Urusan Agama Kecamatan Sekayu selesai tiga bulan sejak Desember 1982  sampai  dengan Maret 1983.

Balai Sidang Pengadilan Agama Sekayu dibangun tahun 1983 seluas 150 M2, kemudian pada thun 1992 dibangun lagi Balai Sidang dibelakangnya seluas 100 M2 berdasarkan DIP Departemen Agama tanggal 14 Maret 1992 sebesar Rp.33.300.000,- ( Tiga puluh tiga juta tiga ratus ribu rupiah).

Perubahan kembali setelah Pengadilan Agama Sekayu menjadi satu atap dibawah Mahkamah Agung sejak 1 Juli 2004 yaitu pada tahun 2006 Pengadilan Agama Sekayu kembali mendapat Rehabilitasi Gedung Kantor dari DIPA tahun 2006 sebesar Rp. 250.000.000,- ( Dua ratus lima puluh juta rupiah ), dan pada tahun 2006 juga Pengadilan Agama Sekayu mendapat Bantuan dari Pemerintah Kabupaten Musi Banyuasin berupa 1 unit Rumas Dinas Tipe 70 dan Gedung ruang sidang seluar 100 M2.